El programa de Doctorado en Ingeniería Civil es un programa interdepartamental organizado en torno a seis grandes áreas: ingeniería de estructuras y construcción, ingeniería del terreno, ingeniería del agua, ingeniería del transporte y ordenación del territorio, ingeniería ambiental y sostenibilidad e ingeniería computacional.

El programa actual es heredero de los cursos de doctorado que se comenzaron a ofrecer el curso académico 1975-1976. Con la Ley Orgánica de Reforma Universitaria del 1984 los programas de doctorado pasaron a ser competencia de los departamentos. A pesar de todo, los departamentos con docencia de la Escuela decidieron, mediante un acuerdo de delegación, mantener un programa de doctorado transversal, el de Ingeniería Civil. Este programa ha convivido en los últimos años con los programas específicos de los diversos departamentos.

La aceptación entre los estudiantes, tanto nacionales como internacionales, la calidad de las tesis y del personal docente e investigador de la Escuela, ha sido el mejor aval para la concesión de la denominación de programa de doctorado de calidad en las sucesivas convocatorias del Ministerio de Educación desde 2004.